اتحادیه پوهنتونها و موسسات تحصیلات عالی خصوصی دارای ساختار سازمانی زیر است:

1. مجمع عمومی
2. هيئت مدیره
• کمیته های کاری
3. هیئت اجرایی

مجمع عمومی

مجمع عمومی شامل تمام اعضای انجمن می شود و بیشترین تصمیم گیری را در نظر گرفته است. مجمع عمومی حداقل یک بار در سال ملاقات می کند و وظایف اصلی زیر را انجام می دهد:

• تعیین جهت و اهداف استراتژیک اتحادیه.
• بررسی، اصلاح و تصویب اساسنامه اتحادیه.
• انتخاب رئیس و گزارشگر جلسات مجمع عمومی.
• می شنوید که سالانه عملیاتی و همچنین گزارش مالی ارائه شده توسط هیئت مدیره.
• تصویب بودجه سالانه.
• انتخاب اعضای هیئت مدیره.
• تعیین هزینه عضویت
• تصویب برنامه ها، رویکردها و استراتژی های اتحادیه.
• بررسی و تصویب پیشنهادات هیئت مدیره.

هيئت مدیره

هیئت مدیره دومین مجوز تصمیم گیری و بالاترین مجری اجرایی اتحادیه انتخاب شده توسط اعضای مجمع عمومی برای مدت دو سال است.

هیئت مدیره شامل 11 تا 15 عضو (از جمله رئیس جمهور و سه معاون رئیس جمهور است که در غیاب رئیس جمهور جایگزین می شوند ) که داوطلبانه کار خود را انجام می دهند. جلسات هیئت مدیره دوره ای حداقل دو بار در ماه برگزار می شود و مسئول تهیه و اجرای سیاست های اتحادیه و برنامه ریزی فعالیت های آن است.

نامزدی و نامزدی برای به دست آوردن عضویت یا ریاست هیئت مدیره محدود نیست که هر عضو اتحادیه می تواند بیش از یک بار عضو هیئت مدیره باشد. این موسسات آموزشی که اتحادیه را در سطح زون ای رهبری می کنند، اعضای هیئت مدیره هستند و باید به طور منظم به هیئت مدیره گزارش دهند. مدیر اجرایی دبیر کل هیئت مدیره است.ترکیب هیئت مدیره به شرح زیر است:

• رییس هیئت مدیره (برای دو سال انتخاب)
• معاون رئیس ، امور علمی
• معاون رئیس ، توسعه و روابط عمومی
• معاون رئیس ، امور فرهنگی
• سکرتر(مدیر اجرایی)
• اعضای هیئت مدیره (7 + 4)

هیئت اجرایی

هیئت اجرایی مدیریت روزانه و اجرای فعالیت ها و عملیات اتحادیه را تضمین می کند. هیئت اجرایی با توجه به نیازها و الزامات اتحادیه تعیین شده و توسط هیئت مدیره مورد استفاده قرار می گیرد و شامل موارد زیر می شود:

• مدیر اجرایی (مدیر عامل)
• مدیران واحد (دانشگاهیان، دانشجویان، مدیران و امور مالی، روابط عمومی، نشریات و دبیر)
• پرسنل خدمات (رانندگان، آشپز، نگهبان ها، و پاک کننده های اداری)

از طریق یک رقابت باز و در حالی که با توجه به صلاحیت و شایستگی متقاضیان، مدیرعامل در هیئت مدیره استخدام می شود.

متقاضیانی که کارکنان فعال یا دائم دانشگاه های خصوصی و موسسات عالی تحصیلی هستند، برای استخدام مدیر عامل شرکت نخواهند شد.